番茄的生长期长，结果期也长，除施有机肥料作基肥外，还要追施化肥。据分析，每生产1000千克商品番茄需要吸收氮4.5千克、磷5.0千克、钾5.0千克、钙2.52~4.19千克，氮、磷、钾的比例约为0.9:1:1。氮素保证茎叶的生长，若氮肥不足，则全株的叶子呈黄绿色而早衰。钾能促进养分的同化和转移，若钾肥不足，则从基部叶片开始，叶片从边缘开始变黄，继而变褐，质地变脆。磷的吸收总量虽然较少，但是磷对番茄根系的生长、花芽分化和果实、种子的发育极为重要。缺磷时，叶片小，叶暗绿色，叶脉呈紫色，果实少而小，底部叶片向上卷成筒状。
建议在移栽定植前应施足基肥，每亩施腐熟的有机肥料4000~5000千克、尿素15千克、过磷酸钙50千克、硫酸钾20千克、草木灰150千克，也可搭配稼乐夫微生物菌剂，提高肥料利用率，一般将其中的2/3均匀地撒于地表，结合整地翻入，1/3施于定植沟内。
在黄瓜第一穗果坐果后进行第一次追肥，每公顷施碳铵225~300千克或尿素75~120千克，然后浇水。第一穗果采收后可进行第二次追肥，每公顷施碳铵150~225千克。