在日光温室辣椒栽培中，让人头疼的是辣椒定植后不发苗、死棵或植株萎蔫等问题。辣椒定植后即在田间出现萎蔫植株。主要表现为缓苗时间长；植株弱小；叶片发黄；在晴天的时候出现萎蔫现象。原因主要是以下几点：
1、定植过深。有些农户可能是考虑到定植后需要浇水，怕水大冲倒了幼苗，几乎把茎秆的三分之一都埋入了土中，由于气温高，湿度大，造成茎秆变褐色，乃至腐烂，但这不是病害，无法通过喷药来防治。
2、苗期幼苗的适应过程。由于定植前幼苗已适应了苗床土壤环境，定植后由于换了土壤，必须有一定的时间来适应拱棚内的土壤环境，这就造成了缓苗时间的加长。
3、定植时间过早，造成沤根现象。由于大部分菜农没有采取起垄定植，加上大都采取大水漫灌的方式，透气性不好，造成了沤根。在拔出萎蔫的秧苗时，可以清楚地看到部分毛细根已经坏死，剩余的根系不足以维持其正常生长需要的养分和水分。晴天时气温高，植株蒸腾量大，所需水分多，故而出现萎蔫现象。
4、农家肥使用不当引致烧根所致。温室施用优良农肥是蔬菜高质高产的基础，也是预防、缓解温室土壤连作障碍的有效的措施。但施用未腐熟的农肥或农肥未捶细大块进地或农肥未深施或农肥施用量过多，分解时会在根系周围形成高温或土壤溶液浓度过高，强行从植株根系索取水分烧坏主根，影响根系发育而发生萎蔫。
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