深冬季节，大棚蔬菜生产时，施用肥料过勤，量过大，则会造成土壤板结，瓜菜烂根、沤根，植株萎蔫等现象，要想改变上述不良现象，就要注意改良土壤，注意菌肥的施用，特别是冬季大棚蔬菜生产应注重菌肥的施用来改善土壤的综合形状。
一是施用菌肥要注意田间实际状况。对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒肥，可采用喷雾的方法，效果更明显。
二是注意棚温、地温和水温。施用菌肥的较佳温度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌较适温度，土壤含水量是60～70%左右。
三是不能和其他农药混用，防止活菌致死。注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施喜锐施微生物菌剂，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。
五是因时制宜。生物菌肥不是快效肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7～10天施用效果较佳。同时对不同作物或同一作物的不同时期，要选用不同的施用方法，作物叶背茸毛的多少、叶片蜡质的厚薄都会影响其使用效果。
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