长期连作，植株移栽带菌，越冬低温冻害，除草剂药害，土壤板结、过干、过湿、地力下降均易发病。其中植株带菌、土壤病原物增加和植株生长势衰弱是主要病因。
合理轮作，以实行两年水旱轮作效果较佳。清理果园，对田间前茬病株和病残体集中烧毁，对土壤熏蒸消毒，也可对地表喷施消毒药剂对土壤进行消毒处理；同时应配合施入大量有机肥和喜锐施微生物菌剂，深翻土壤，灌足水，提高土壤墒情。选用抗病性较强的草莓良种和无病健康种苗。
科学施肥，多施有机肥，生物菌制剂促使草莓健壮生长，从而激发草莓自身抗根腐病能力。高垄地膜栽培，加强田间管理，合理施肥、科学灌水，并在草莓开花前、幼果期、膨大期要及时使用喜锐施高钾水溶肥，提高草莓循环坐果率，促使果实发育，协调营养平衡，防治草莓畸形发生，使草莓丰产高质。
药剂防治，草莓根腐病应以预防为主，在育苗时用高锰酸钾每平方米2~4克，进行喷淋。移栽前后用高锰酸钾，稀释1500倍液，每株200毫升，进行灌根。如发现病株的田块采用淋根防治。